O prompt de comando e arquivos bat não são executados, surgindo uma mensagem de que o arquivo cmd.exe não pode ser encontrado, ou alguma mensagem variável.

Causa, corrompimento do registro por vírus ou algo semelhante.

Como resolver:

Efetuar backup do registro e acessar a chave:
HKEY_LOCAL_MACHINESoftwareMicrosoftWindows NTCurrentVersionImage File Execution Options

Em cada pastinha .exe com os arquivos que não podem ser abertos há uma chave chamada “Debugger” com o valor  “setuprs1.PIF” ou até mesmo “Windows” . Delete a chave Debugger, e tudo deve voltar ao normal. Não é preciso nem reiniciar para ver o resultado.

Fonte: http://www.daniweb.com/forums/thread117532.html